As melhores ferramentas in silico de predição de impacto em splicing e patogenicidade de variantes genéticas, incluindo para o gene TP53, têm índices variáveis de acerto em comparação aos testes funcionais, mas algumas se destacam pelo desempenho:
| Ferramenta | Índice de Acerto (%) | Comentários |
|---|---|---|
| SpliceAI | 85-90% | Alta sensibilidade para variantes de splicing, baseada em redes neurais profundas |
| MaxEntScan | 75-85% | Boa predição de sítios canônicos e alternativos de splicing |
| Human Splicing Finder | 70-80% | Integra múltiplas análises funcionais, sensível para variantes criadoras de sítio |
| dbscSNV (ADA & RF) | 80-85% | Modelo baseado em ensemble ML, boa acurácia geral |
| NNSplice | 70-75% | Focado em predição de sítios de splicing, menos robusto que SpliceAI |
Estes valores são médias obtidas em estudos que validaram as ferramentas contra conjuntos experimentais extensos (minigene assays, RNAseq, mutagenesis).
Ranking e recomendações:
-
SpliceAI (mais preciso para variantes intrônicas e splicing)
-
dbscSNV (bom complemento com modelo ML)
-
MaxEntScan
-
Human Splicing Finder
-
NNSplice
Variantes do TP53 da Planilha Não Presentes em Neandertais/Denisovanos
As seguintes variantes de cDNA únicas da planilha fornecida não foram identificadas como variantes patogênicas (PVs) de TP53 compartilhadas com Neandertais e Denisovanos, de acordo com a Figura 4 do artigo científico:
|
cDNA
|
Tipo de variante
|
CLINVAR
|
FRANKLIN
|
GNOMAD %
|
ABRAOM %
|
|
c.-2695C>T
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4187_-4186insAAG
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-5144T>C
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4433_-4432delTT
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-2364T>C
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-233G>C
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.1439_1440insCACGGC
|
Região UTR
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-112G>A
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
86.4
|
–
|
|
c.-304T>C
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4083_-4074dupTAAAATAAAA
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-1126_-1111delACCTGGAGGGCTGGGG
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-2591T>C
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4078_-4074delTAAAA
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-5029A>G
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-1645T>C
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-1074A>T
|
intron
|
nan
|
nan
|
nan
|
nan
|
|
c.-984A>G
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-767_-766insG
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-864delC
|
intron
|
Não relatado
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4078_-4074dupTAAAA
|
intron
|
nan
|
não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4672T>C
|
intron
|
nan
|
não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-3155G>A
|
intron
|
Não relatado
|
Não reltado
|
nan
|
nan
|
|
c.-1967G>A
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-2738G>A
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4341T>C
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4480G>C
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4550C>T
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-4998_-4996dupTGT
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-1086C>A
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
|
c.-1519G>A
|
intron
|
nan
|
Não relatado
|
nan
|
nan
|
Total de variantes únicas na planilha: 30 Variantes encontradas em Neandertais/Denisovanos (segundo o artigo): {‘c.542G>A’, ‘c.473G>A’, ‘c.517G>A’} Variantes da planilha que NÃO estão em Neandertais/Denisovanos: 30