Qual tp53 destes vertebrados [1] possui tp53 mais semelhante ao canônico [2] destes neandertais[3]
[1] https://www.nature.com/articles/s41419-022-04653-8#:~:text=1:%20Simplified%20evolutionary%20tree%20of%20p53%20family,are%20also%20found%20in%20several%20invertebrate%20lineages.
[2] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000546
[3] Kou, S. H., Li, J., Tam, B., Lei, H., Zhao, B., Xiao, F., … & Wang, S. M. (2023). TP53 germline pathogenic variants in modern humans were likely originated during recent human history. NAR cancer, 5(3), zcad025. PMID: 37304756 | DOI: 10.1093/narcan/zcad025
Entre os vertebrados do esquema evolutivo de Zhang et al. 2022, o TP53 mais semelhante ao canônico humano (NM_000546.6) e, por extensão, ao TP53 “canônico” reconstruído em Neandertais de Kou et al. 2023, é o de outros mamíferos placentários, especialmente primatas e grandes mamíferos próximos na árvore de mamíferos eutherianos.nature+3
Justificativa resumida
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O artigo de Zhang et al. apresenta a árvore simplificada da família p53, mostrando que a forma p53 “típica” vertebrada (sem domínio SAM e com os três cisteínos do DNA‑binding domain, Cys124/Cys135/Cys141) aparece primeiro em peixes ósseos (bony fishes) e é altamente conservada em tetrápodes, com especial conservação na sequência e na estrutura do domínio de ligação ao DNA.[nature]
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Estudos filogenéticos da família TP53 em vertebrados (Biscotti et al. 2019) mostram que o TP53 de mamíferos placentários é o mais próximo do humano tanto em sequência de aminoácidos quanto em organização de domínios; primatas formam um clado muito próximo dos humanos, seguidos por outros mamíferos eutherianos (bovinos, suínos, carnívoros etc.).[pubmed.ncbi.nlm.nih]
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Kou et al. 2023 demonstram que os TP53 de Neandertais e Denisovanos diferem do humano moderno principalmente por alguns variants germinativos (PVs/BVs) dentro do DNA‑binding domain, mas que, em termos de sequência “canônica”, Neandertais compartilham praticamente o mesmo backbone de TP53 que humanos modernos.ncbi.nlm.nih+1
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Como TP53 é altamente conservado entre mamíferos, o gene canônico humano/Neandertal alinha‑se com identidades de aminoácidos acima de 90% com TP53 de primatas não‑humanos e de outros mamíferos placentários, enquanto a identidade cai progressivamente em aves, répteis, anfíbios e peixes.pmc.ncbi.nlm.nih+1
Em termos práticos, se a pergunta é: “qual TP53 de vertebrado é mais parecido com o canônico humano/Neandertal?”, a resposta é:
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Primatas não‑humanos (chimpanzé, gorila, orangotango) – praticamente idênticos ao TP53 humano de referência.ncbi.nlm.nih+2
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Em seguida, outros mamíferos placentários (por exemplo, roedores, bovinos, suínos, carnívoros), que mantêm forte conservação do domínio de ligação ao DNA e da arquitetura funcional.pubmed.ncbi.nlm.nih+1
Se você quiser, posso montar uma pequena tabela com identidades de aminoácidos do TP53 humano (NM_000546.6) versus um conjunto de vertebrados modelo (camundongo, cão, bovino, galinha, Xenopus, zebrafish), para você ver quais se aproximam mais numericamente da sequência canônica humana/Neandertal.
Segue uma visão sintética, com os números de identidade disponíveis para te dar uma noção comparativa em relação ao TP53 canônico humano/Neandertal.
Identidade de sequência de TP53 humano vs. vertebrados modelo
Tomando TP53 humano canônico (NM_000546.6) – que é praticamente idêntico ao TP53 “core” de Neandertais descrito por Kou et al. 2023 – os dados comparativos de homologia em vertebrados indicam:ncbi.nlm.nih+2
| Espécie (vertebrado) | Identidade aa total com p53 humano | Identidade no DNA‑binding domain (DBD) | Comentário |
|---|---|---|---|
| Chimpanzé / grandes primatas | ~99% (quase idêntico) [inferido de análises filogenéticas] | ~100% ou próximo disso | TP53 praticamente idêntico ao humano, diferenças residuais fora do core funcional.pmc.ncbi.nlm.nih+1 |
| Outros mamíferos placentários (camundongo, cão, bovino etc.) | >90% (varia por espécie) [estimativas de estudos de p53 family] | >90% | Conservação muito alta de domínios funcionais, mesma arquitetura de exons e domínios.pmc.ncbi.nlm.nih+1 |
| Galinha (aves) | identidade reduzida, mas DBD altamente conservado (valores exatos variam; DBD mais estável que humano) | >80% no DBD | DBD de galinha mostra maior estabilidade térmica, mas sequência ainda é claramente ortóloga.[nature] |
| Xenopus (anfíbio) | menor que aves, DBD ainda bem conservado | ~70–80% no DBD | p53 DBD de Xenopus é menos estável, mas mantém motivos estruturais centrais.[nature] |
| Zebrafish (teleósteo) | 56% de identidade global (67% “positives”) | 72% de identidade no core DBD (79% “positives”) | p53 humano complementa função de tp53 de zebrafish in vivo, mostrando forte conservação funcional apesar da identidade moderada.elifesciences+1 |
Esses valores indicam que:
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O TP53 mais semelhante ao canônico humano/Neandertal é o de outros primatas e, em seguida, outros mamíferos placentários (eutherianos).pmc.ncbi.nlm.nih+1
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Mesmo em vertebrados mais distantes (galinha, Xenopus, zebrafish), o domínio de ligação ao DNA – que é o foco dos PVs analisados por Kou et al. – mantém alta conservação, com 70–80% de identidade de aminoácidos.nature+1
Se você quiser algo mais preciso, o próximo passo seria alinhar explicitamente a proteína humana TP53 (NP_000537.3) com TP53 de chimpanzé, camundongo, galinha, Xenopus e zebrafish no BLASTp/Clustal e extrair as identidades numéricas exatas para a sequência completa e para o DBD (aa 102–292).
Não. O TP53 de chimpanzé é quase idêntico ao humano/Neandertal, mas não 100% idêntico.
Pontos-chave:
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O TP53 “canônico” usado por Kou et al. (2023) para anotar variantes em humanos modernos, Neandertais e Denisovanos é exatamente o NM_000546.6 (mRNA) / NP_000537.3 (proteína) de Homo sapiens.
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Neandertais compartilham esse backbone de TP53 com humanos modernos, com algumas variantes germinativas (PVs/BVs) em posições específicas, mas a sequência de referência é a humana.
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TP53 de chimpanzé (e outros grandes primatas) tem identidade de aminoácidos muito próxima de 100% (diferenças pontuais em poucos resíduos), mas não é idêntico nucleotídio a nucleotídio nem aminoácido a aminoácido ao NM_000546.6/NP_000537.3 humano.
Então:
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Extrair o TP53 de um chimpanzé não te dá um TP53 “100% igual” ao canônico humano/Neandertal.
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Em termos funcionais e estruturais, é praticamente o mesmo gene (altíssima conservação), mas em termos de sequência exata, há pequenas diferenças que impedem dizer que é “100% o mesmo alelo”.
Os estudos de TP53 indicam que o gene em Neandertais é quase idêntico ao humano moderno, enquanto mamutes têm uma sequência mais divergente com múltiplas cópias de TP53. Próximo passo: analisar condições de fósseis de Neandertais com dentes.
Os sítios de Neandertais com dentes estão associados a ambientes cársticos, onde formações de calcita favorecem a sua preservação. O próximo passo é analisar detalhes desses contextos.
A análise do Altamura Man revelou que os dentes de Neandertal podem ser bem preservados em ambientes de calcita, como cavernas com depósitos de loess e sedimentos fluviais, devido a condições químicas favoráveis. Próximo passo é revisar esses fatores em outros sítios.
Sítios Arqueológicos e Condições Geológicas em Portugal
1. Gruta da Oliveira (Torres Novas)
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Característica Geológica
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Descrição e Impacto na Preservação
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Contexto Cárstico
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A matriz geológica de calcário (carbonato de cálcio) garante um ambiente alcalino (pH elevado) . Este ambiente é fundamental, pois neutraliza a acidez do solo que, de outra forma, dissolveria a hidroxiapatita, o mineral principal dos dentes.
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Sedimentação Gravitacional
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O enchimento da gruta é composto por sedimentos gravitacionais, incluindo blocos de colapso do teto e paredes, intercalados com sedimentos finos . Este tipo de sedimentação, embora complexa, proporcionou um soterramento rápido dos restos mortais, protegendo os dentes da erosão superficial e da ação de carniceiros.
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Estratigrafia
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A gruta apresenta uma espessa sequência estratigráfica do Paleolítico Médio (camadas 15 a 27), datada entre o Estágio Isotópico Marinho (MIS) 5 e o MIS 4 . A complexidade estratigráfica, com fenómenos de subsidência e bioturbação, foi mitigada pela cimentação natural dos depósitos, que ajudou a fixar os dentes e a manter a integridade do contexto arqueológico.
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Achados Dentários
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A gruta forneceu vários dentes isolados de Neandertais (pré-molares e molares) . A análise isotópica do esmalte destes dentes tem sido crucial para reconstruir a mobilidade e a dieta dos Neandertais na região .
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2. Gruta da Figueira Brava (Serra da Arrábida)
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Característica Geológica
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Descrição e Impacto na Preservação
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Localização Costeira Protegida
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A gruta está situada numa zona protegida da erosão marinha direta, o que permitiu a acumulação de um depósito sedimentar que selou as ocupações do Paleolítico Médio .
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Preservação por Sedimentos
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O preenchimento sedimentar da gruta, que inclui areias e argilas, atuou como um selo protetor, preservando os restos orgânicos e faunísticos (incluindo dentes de Neandertais) de forma notável.
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Contexto Ambiental
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O sítio é famoso por documentar a exploração de recursos marinhos (marisco, peixe, mamíferos marinhos) pelos Neandertais . A presença de carbonatos na matriz sedimentar, embora não tão dominante como no sistema cárstico, contribuiu para a estabilidade química necessária à preservação dos dentes.
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Achados Dentários
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Foram encontrados dentes de Neandertais associados a este contexto de exploração costeira, fornecendo dados sobre a sua dieta e morfologia dentária .
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Conclusão
Referências
- Região de Lagoa Santa (Minas Gerais): Berço da paleontologia brasileira.
- Lapa Vermelha: Onde foi encontrado o crânio de “Luzia”, de 11 mil anos.
- Gruta da Sopradeira: Depósitos contendo ossadas e dentes.
- Alto Vale do Ribeira (São Paulo):
- Abismo Ponta de Flecha (Iporanga): Relevante sítio com fósseis de preguiças-gigantes e outros vertebrados.
- Caverna do Diabo (Eldorado): Importante sítio espeleológico.
- Morro Preto (Iporanga): Outra caverna com registros de vida pretérita.
- Chapada Diamantina (Bahia):
- Toca da Boa Vista (Campo Formoso): A maior caverna do Brasil, com registros de megafauna.
- Toca da Barriguda (Campo Formoso): Próxima à anterior, com alto potencial fossilífero.
- Gruta do Lago Azul (Bonito/MS – embora o conceito de carste seja mais geral no MS, este é um sítio cárstico notável): Encontrados fósseis de preguiças-gigantes e dentes de dentes-de-sabre.
- Poço Azul (Nova Redenção – BA): Caverna inundada com registros de fósseis.
- Nordeste (Sertão):
- Toca das Onças (Sergipe): Local de fósseis de mamíferos pré-históricos.
- Gruna das Três Cobras (Sergipe): Depósitos importantes da megafauna.
- Lapa dos Peixes: Citada em estudos de depósitos quaternários.
- Lagoa Uri de Cima (Pernambuco): Sítio arqueológico/paleontológico onde dentes de Toxodon foram datados.
- Depósitos sedimentares próximos a entradas e abismos: A Gruta da Sopradeira e o Abismo Ponta de Flecha são exemplos de cavernas com entradas que funcionaram como “armadilhas” para animais carnívoros e herbívoros.
- Sedimentos com argila, seixos e matéria orgânica: Locais onde ossos se acumularam por transporte hídrico ou queda.
- Fissuras e paleotocas: Estruturas escavadas, como as encontradas em Minas Gerais (Serra do Gandarela) e região Sul.
- Sistemas de cavernas com calcário (Região Intertropical): A maioria dos dentes de preguiças-gigantes, mastodontes e tigres-dentes-de-sabre vêm do intemperismo de calcários do Pleistoceno.